Uno de los derechos por los que vela el Tribunal Europeo de Derechos Humanos es el de igualdad y no discriminación por razón de orientación sexual o identidad de género. Resulta chocante, pues, que la jueza María Elósegui haya sido elegida para ocupar un puesto en este organismo. Una de sus opiniones es: «(La transexualidad) es una clara patología referente al sexo psicológico que crea una severa disfunción que en no pocos casos conduce al suicidio». Y otra es: «La conducta homosexual, que como se sabe es mucho más compulsiva, lleva, a pesar de la gran necesidad afectiva de estas personas, a tener un elevado número de parejas, hasta el punto de que el conocido sociólogo homosexual alemán Danneccker ha escrito que la fiel amistad homosexual es un mito».

Tiempo les ha faltado a varios colectivos LGTB para criticar la elección de Elósegui, a quien acusan de defender postulados «estigmatizantes e inaceptables» sobre la homosexualidad y de concebir la transexualidad como un «síndrome psiquiátrico». «Que el Gobierno haya propuesto a una jueza con un currículum tan alejado de la legislación española en materia de diversidad deja patente el estado de la justicia en materia de igualdad LGTB y la falta de interés por cambiarlo», declaró el Observatorio Madrileño contra la LGTBfobia. Se han sumado a las críticas Izquierda Unida, Podemos y En Comú, que califican también de «homófoba» a la catedrática de Filosofía del Derecho en la Universidad de Zaragoza.

La revista Dos Manzanas, una de las principales publicaciones para público gay, ha señalado: «Ha defendido en el pasado posturas sobre la homosexualidad que consideramos claramente homófobas». Y ha añadido: «Son sobre todo sus posicionamientos sobre la transexualidad, que de forma explícita considera una patología psiquiátrica, los que nos generan una mayor alarma».

La magistrada era la única mujer en la terna que propuso España al Consejo de Europa y, a priori, la menos favorita. Su pensamiento también queda reflejado en una entrevista al portal vinculado al Opus Dei almudi.org.