Las 10 conselleries del nuevo Consell contarán con 18 secretarías autonómicas, tres menos que hasta ahora. El área que más secretarías tiene es Justicia y Bienestar Social, con tres, mientras Sanidad, Agricultura y Gobernación tienen una cada una y las restantes, dos cada una.
La Conselleria de Presidencia queda estructurada en una Secretaría Autonómica de Presidencia y otra de Comunicación; y la de Economía, Industria y Comercio en la Secretaría Autonómica de Economía, Industria y Comercio, y la del Sector Empresarial. Hacienda y Administración Pública con una Secretaría Autonómica de Hacienda y Presupuestos y otra de Administración Pública. Educación, Formación y Empleo se divide entre la de Formación y Empleo, y la de Educación. Sanidad, Agricultura y Gobernación disponen de una Secretaría Autonómica cada una --la Agencia Valenciana de Salud; la de Agricultura, Pesca, Alimentación y Agua; y la de Interior, respectivamente--. Justicia y Bienestar Social tiene las secretarías autonómicas de Autonomía Personal y Dependencia; Familia y Solidaridad, y Justicia. Infraestructuras, Territorio y Medio Ambiente cuenta con una Secretaría Autonómica de Infraestructuras y Transporte, y otra de Territorio, Medio Ambiente y Paisaje. La Conselleria de Turismo, Cultura y Deporte se estructura en la de Turismo y Proyectos Estratégicos, y la de Cultura y Deporte.
