En los últimos años, Josep Borrell se ha significado por su contundente condena al proceso independentista en Catalunya. En el libro Las cuentas y los cuentos de la independencia, publicado a finales del 2015, el exministro acusó a Artur Mas y a Oriol Junqueras de mentir a los catalanes con el argumento del déficit fiscal para crear una idea preconcebida de agravio. La publicación del libro le llevó a ser entrevistado en numerosos programas de radio y televisión. De todas sus apariciones televisivas la más recordada fue un duro cara a cara con Oriol Junqueras, que le convirtió en referente de los contrarios al 'procés'.

No obstante, fue su discurso el pasado 8 de octubre, durante la manifestación convocada por Societat Civil Catalana bajo el lema 'Recuperem el seny' el que volvió a colocar en primera línea mediática a un político que, para muchos, pertenecía a décadas anteriores.

En aquella intervención, el entonces exministro afirmó "Catalunya no es una colonia" ni un "Estado ocupado militarmente" e hizo un llamamiento al presidente de la Generalitat, Carles Puigdemont, a que "no empuje el país hacia el precipicio". En un gesto muy recordado, Borrell se giró y señalando hacia la bandera de la Unión Europea clamó: "Esta es nuestra estelada". El exministro pidió al entonces presidente de la Generalitat, Carles Puigdemont, que no declarara unilateralmente la independencia ya que eso iba a conducir a Catalunya "al traste". Además, hizo un llamamiento a que no hubiera ningún tipo de boicot a los productos catalanes instando a los asistentes a brindar con cava catalán.

Semanas más tarde, durante la campaña electoral, en un mitin de apoyo al candidato del PSC, Miquel Iceta, Borrell realizó una intervención en que afirmó que, antes de recoser la sociedad catalana, habia que "desinfectarla".