Las estadísticas dicen que el Villarreal siempre que ha jugado la segunda competición continental, primero como Copa de la UEFA y ahora como Europa League, que siempre ha logrado clasificarse para los dieciseisavos de final en sus siete anteriores participaciones. Bajo el nombre de Copa de la UEFA, en las temporadas 2003-04, 2004-05 y 2007-08, superó la fase de grupos, aunque en la primera de ellas al no existir dicha liguilla, tuvo que superar dos rondas anteriores frente al Trabzonspor y Torpedo de Moscú para alcanzar los dieciseisavos de final.

En la siguiente temporada, 2004-05, superó la fase de grupos, quedando en segunda posición, donde tuvo como rivales al Middlesbrough, Lazio, Egaleo y Partizan, mientras que en la 2007-08 hizo lo propio para acceder a los dieciseisavos de final, teniendo como rivales a la Fiorentina, Mlada Boleslav, AEK Atenas y Elfsborg, terminando como primera de grupo. En todas estas temporadas, el técnico amarillo fue Manuel Pellegrini.

Ya bajo la denominación de Europa League también el Villarreal consiguió superar la fase de grupos en sus cuatro anteriores participaciones: temporadas 2009-10, 2010-11, 2014-15 y 2015-16.

En la 2009-10, con Ernesto Valverde en el banquillo, el equipo amarillo logró quedarse segundo en una grupo conformado por el Salzburgo, Lazio y Levski Sofia como rivales. En la 2010-11, con Juan Carlos Garrido en el banquillo, el Villarreal ya logró el pasaporte para los dieciseisavos de final al quedar primero de grupo, teniendo como rivales al Paok Salónica, Dinamo Zagreb y Brujas.

Ya en la era Marcelino García Toral, temporadas 2014-15 y 2015-16, el Villarreal también consiguió clasificarse para los dieciseisavos de final de la segunda competición europea. En la primera, tras quedarse como segundo en un grupo donde tuvo como rivales el Borussia Mönchengladbach (fue el primero), Zúrich y Apollon Limasol.

En la pasada temporada 2015-16, obtuvo el pasaporte como segundo de grupo por detrás del Rapid de Viena, en un grupo en el que estaban encuadrados, además de los austriacos, el Viktoria Pilsen y el Dinamo Minsk.