Desde su creación en el 2009, sustituyendo al anterior formato de eliminatoria de la Copa de la UEFA, la Europa League tiene en el Villarreal al club más destacado entre los más de 200 participantes que han desfilado en las nueve ediciones disputadas, hasta el punto de que, hoy por hoy, se haría difícil entender la competición sin su líder en el ránking histórico, a pesar de que los amarillos no han podido ganar ningún título ni acceder a ninguna de las finales, con su mejor resultado en las semifinales ante el Oporto (en la temporada (2010/2011) y el Liverpool (2015/2016).
El Villarreal supera al Red Bull Salzburgo en el cómputo general de la segunda competición continental, con seis puntos más que el habitual campeón austriaco (78 por 72), que no alcanza los números del Submarino pese a haber protagonizado una participación más en la Europa League. Tras ellos, el Lazio italiano y los españoles Athletic Club —con solo un partido menos que los groguets y una edición más jugada—, Sevilla y Atlético, los dos últimos con tres y dos títulos, respectivamente, favorecidos por su entrada en las eliminatorias como terceros de grupo en la Champions, una de las injusticias que la UEFA mantiene en el torneo, perjudicando a los equipos que pelean desde el inicio —a veces desde las rondas previas— por el título.
El entrenador del Villarreal es uno de los que denuncian esta situación. «Creo que es injusto que los terceros de Champions disfruten de esa segunda oportunidad. Creo que deberían quedar eliminados de las competiciones europeas una vez no han conseguido alcanzar sus objetivos en la Champions», sostiene Javier Calleja, que quiere que el Submarino siga siendo uno de los referentes de la Europa League la próxima temporada.
